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首页 > 商务会议 > 农林牧渔会议 > 2017微生物组学及数据分析培训班更新时间：2017-06-13T09:37:15

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2017微生物组学及数据分析培训班已截止报名
推荐参加：2025中国智慧林业发展论坛暨全国智慧林业科技创新大会

会议时间： 2017-07-14 08:00至 2017-07-18 18:00结束

会议地点：无锡详细地址会前通知周边酒店预订

会议规模：50人

主办单位：北京中科润开生物科技有限公司

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会议通知
会议内容主办方介绍

2017微生物组学及数据分析培训班宣传图

各有关单位:

微生物作为地球环境中的一大类生物群体，每种微生物都有其独特的功能。微生物学（microbiology）作为生物学的分支学科之一，在许多学科领域都发挥着举足轻重的作用。为推动我国微生物学的发展，提高从业人员的技术水平，更好地与微生物研究领域的专家学者们分享、交流在微生物研究领域中的心得、经验。应广大行业工作者的要求，举办“生物信息最新技术--微生物专题培训班，由北京中科润开生物科技有限公司具体承办。培训班采用理论和演示相结合的教学形式，使学员在短时间内对微生物研究中涉及的知识和方法得到进一步地提高，同时学员与授课专家进行现场交流与咨询，探讨学员在平时工作、研究中的瓶颈问题。与同行交流以拓宽自己的研究思路，共同探讨和挖掘微生物资源的科学研究价值和应用前景。具体事宜通知如下：

培训特色：

主题明确，针对性强，理论和实践结合，主讲与学员研讨的方式进行

讲师拥有丰富的微生物数据分析和项目执行经验

课下主讲老师为您所遇到的问题提供个性化解答

配合研究中所需的要点,围绕实际研究中常用的软件展开;

学员通过与专家直接交流，能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。

培训对象：

大中专院校生命科学、生物信息、生态学、生物计算、医学；对生物信息有一定了解的

在校教师，研究生、博士生及科研单位从事该领域的研究人员

时间地点： 2017年7月14日——7月18日江苏无锡（时间安排：第1天报到，授课4天）

颁发证书：

学员经培训考试合格后可以获得：《生物信息工程师》培训证书。

注：请学员带两寸白底彩照2张（背面注明姓名）、身份证复印件一张。

北京中科润开生物科技有限公司

会议日程（最终日程以会议现场为准）

培训内容

一、微生物组学研究趋势与方法

1、单菌不同水平（如DNA、RNA、蛋白等）的研究趋势和方法

2、如何利用这些组学研究的内容

二、序列组装和功能分析---DNA水平

1、如何利用和比较illumina和454数据在序列组装上的优缺点。

2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞

3、基于组装好的序列进行组分（基因、功能元件、非编码RNA等）和功能分析

4、微生物分析内容和方法

5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究

三、微生物基因组

（1）理论：

1、微生物基因组和转录组学研究

1.1、微生物基因组研究的意义

1.2、微生物基因组研究概况

1.3、微生物基因组的特点

1.4、微生物转录组学研究

2、泛基因组学

2.1 泛基因组学定义以及研究意义

2.2 泛基因组学与宏基因组学的比较

2.3 泛基因组学研究内容

2.4 泛基因组学研究实例（医院型及社区型肺炎克雷伯菌的比较基因组学研究）

（2）上机实习：

1.Linux系统操作简介

1.1 Linux简史

1.2 Linux与生物信息学

1.3 Linux基本命令

1.4 Linux基本操作综合实践

2.细菌基因组常规分析流程

2.1 原始数据评估

2.2 基因组拼接、注释

2.3 功能注释

2.4 进化树分析

2.5 多菌株泛基因组分析

2.6 转录组分析

微生物宏基因组

（i）理论 (1)宏基因组学

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计

1.2. 测序量及采样建议

针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程图

数据收集、数据预处理、数据分析

1.4. 结果解析

1.4.1 OTU聚类

1.4.2 物种注释

1.4.3 物种分布情况

1.4.4 样品复杂度分析：α多样性

Coverage

Chao指数

ACE指数

Shannon曲线

Richness rarefaction曲线

1.4.5 多样品比较分析：β多样性

样品间物种丰度热图

排序分析

PCA分析

PCoA分析

NMDS分析

Unifrac分析

样品聚类分析

2. DSS （direct shotgun sequencing）法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注释分析

2.3. 代谢途径解析

二、宏转录组学

1. 介绍

2. 物种组成、功能及代谢途径分析

三、宏基因组和宏转录组学应用

（ii）上机操作

1. 笔记本电脑配置要求建议笔记本内存4G以上，64位操作系统

2. 针对16S rDNA amplicon sequencing分析

]2.1. 虚拟机安装：Virtual Box

2.2. 16S分析运行环境搭建：QIIME Virtual Machine

2.3. 实例演示及结果展示

数据预处理

OTU 聚类

物种注释

OTU table生成

α多样性分析

序列比对

构建进化树

β多样性分析

3. 针对shotgun sequencing分析（只做流程演示讲解）

3.1. 序列质量控制：fastqc

3.2. 序列拼接

3.3. 基因预测及丰度分析

3.4. 物种注释

3.4. 功能注释

3.5. 一站式服务器

MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等

会议嘉宾（最终出席嘉宾以会议现场为准）

主讲专家：

刘老师男

博士 副研究员中国科学院微生物研究所

2000 年毕业于北京大学生命科学院获理学学士;

2005 年毕业于北京大学生命科学院生物信息中心，获生物信息学博士学位。是我国教育部认定的第一批生物信息学博士。

2005 年进入中国科学院微生物研究生分子免疫与分子病毒研究中心进行博士后研究。

2009 年留所工作，在微生物所信息中心任助理研究员、副研究员。现为中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室主任）

主要研究方向为：分子病毒学研究，微生物相关的生物信息学研究，和基于新一代测序技术的数据分析和方法学研究。

承担自然科学基金项目，科技部基础性工作专项课题等；近年来，在 Lancet, Journal of Biological

Chemistry，Emerging Infectious Diseases, Nature structural and molecular biology, PLoS ONE

等杂志发表论文 38 篇。

胡老师男

研究员博士生导师

中国科学院北京基因组研究所，中科院基因组科学与信息重点实验室主任，目前主要研究基因组学生物信息学 .

学习经历：

1987 年 9 月-1991 年 7 月天津商学院食品工程专业理学学士学位 1991 年 9 月-1996 年 7 月中国农业大学生物化学专业理学博士学位工作经历：

1996 年 9 月-1998 年 7 月中国医学科学院基础医学研究所助理研究员 1998 年 8 月-1999 年 7 月美国西雅图华盛顿大学基因组中心访问学者

1999 年 8 月-2003 年 2 月中国科学院遗传与发育研究所人类基因组中心总工程师 2002 年 2 月-2008 年 9 月浙江大学沃森基因组科学研究院教授硕士生导师 2003 年 2 月-至今中国科学院北京基因组研究所研究员博士生导师 2007 年 7 月-2012 年 7 月任中国科学院北京基因组研究所所长助理。

2013 年 7 月-2014 年 7 月任院基因组科学与信息重点实验室副主任。

2014 年 7 月至今任院基因组科学与信息重点实验室主任。