第一天晚上

7:00-

10:30

单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍

2. 单细胞测序技术在科研领域的应用

3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析

4. 单细胞文章常见图表解读

5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路

理论

第二天晚上

7:00-

10:30

Linux及R语言入门与实操

1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练

2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。

3. R语言语法介绍及常用命令

4. 数据处理功能及统计应用

5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制

实操

第三天晚上

7:00-

10:30

单细胞转录组数据分析思路及流程

1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）

2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数

3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

5. 基因富集分析和可视化

理论

第四天晚上

7:00-

10:30

单细胞数据可视化、细胞分型及marker鉴定

1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操

2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操

3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维

4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析

5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析

实操

第五天晚上

7:00-

10:30

单细胞数据轨迹分析，功能富集

单细胞基金写作

1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析

2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析

3. 单细胞数据分析总结

4. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路

5. 单细胞测序基金申请思路

6. 单细胞测序基金申请前期准备

7. 单细胞测序基金申报常见问题分析与应对

8. 如何撰写单细胞基金课题申请书

理论+

实操