时间

     培训内容

3月13日

上午

（9:00-

12:00）

R语言基础操作（一）

1. R软件(R和Rstudio)以及R软件包的下载与安装

2. R语言基础操作（数据集的创建、导入、向量运算、矩阵运算）

3. R语言条件语句与循环语句

4. R语言数据管理(数据匹配、缺失值处理等)

5. R软件常用统计分析(数据描述、统计检验、回归分析等)

3月13日

下午

（14:00-

17:00）

R语言基础操作 (二)

1. R软件统计学分析的批处理(可应用于生物信息学分析)

2. R软件的图表绘制(豆形图、小提琴图、三维气泡图、相关系数图等）

3. 基于ggplot2的R软件绘图(个性化订制图形)

4. 生物医学数据挖掘的概念与简介

3月14日

上午

（9:00-

12:00)

基于R软件的数据挖掘-复杂医学统计模型分析

1. Logistic回归及Cox回归分析：列线图和校准图的绘制

2. 模型评价：C统计量、NRI与IDI的计算及决策曲线分析

3. 竞争风险的生存分析

4. 竞争风险模型的列线图绘制

5. 案例论文讲解

基于R软件的数据挖掘-聚类与分类

1. 聚类的概念及常用聚类方法(K均值聚类与系统聚类)的R软件实现及可视化

2. 双向聚类热图的绘制

3. 分类的概念，性能及评估

4. 决策树与随机森林分类器的构建及R软件实现和可视化

5. 主成分分析及应用主成分分析绘制分类图

6. 案例论文讲解

3月14日

下午

（14:00-

17:00）

基于R软件数据挖掘—关联规则

1. 关联规则的概念

2. 关联规则的概念及常用关联规则分析方法(Apriori算法)

3. 关联规则分析的R软件实现及可视化

4. 案例论文讲解

基于R软件的生物信息学分析—基因组数据挖掘R软件包CancerSubtypes

1. 数据导入及数据预处理（数据正态化，数据的缺失值填补）

2. 聚类热图的绘制，差异表达基因提取，绘制火山图

3. 非负一致性聚类、肿瘤亚型比较，绘制亚型聚类热图和Silhouette图

4. GO和KEGG富集分析及相关图形绘制

5. 结合当前研究热点(m6A、免疫浸润、ceRNA网络等）的GEO与TCGA公共数据库挖掘与论文撰写

基于R软件的生物信息学分析

—肠道菌群与单细胞测序的相关数据分析简介

1. 基于R软件的肠道菌群相关数据分析简介及案例论文讲解

2. 基于R软件的单细胞测序数据分析简介及案例论文讲解