南京军区南京总医院前身是国立中央医院，中国第一所国立大型综合性医院，是集医疗、教学、科研、保健于一体的大型现代化综合性三级甲等医院，简称“（南京）军区总院”。南京大学医学院临床学院，南方医科大学临床学院，第二军医大学等校的教学医院。1994年首批被评为“三级甲等医院”，1999年获得“全国百佳医院”称号，2000年经人事部批准，在全国医院系统首家设立博士后科研工作站，2002年被批准独立招收博士后。2003年7月，医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获“全国拥政爱民模范单位”称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。
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