作为推动新千年基础科学研究的重要战略步骤和作为知识创新工程中的一个试点，中国科学院于 1999 年 11 月 27 日成立了神经科学研究所。神经科学研究所将致力于神经科学基础研究的各个领域，包括分子、细胞和发育神经生物学、系统和计算神经科学、以及认知和行为神经科学。研究所的宗旨是建立一个现代化研究所的机制，提供一个有助于严谨科研工作，高效科研产出，良性科研合作的环境，实现以业绩为准的激励和资助评估系统，以及为研究生和博士后提供高质量的专业训练。
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