新疆医学会（中华医学会新疆分会）成立于1951，1978年3月正式将中华医学会乌鲁木齐分会改称中华医学会新疆分会，挂靠在自治区卫生厅，设专职干部一名。新疆医学会先后召开过9次会员代表大会，历经9届理事会，组织建设不断发展，专业设置日臻完善，现有专业委员会49个，学组12个，拥有13000余个人会员，团体会员单位22家。；《新疆医学》杂志是由新疆医学会主办的学术性刊物，是以医学理论、实践、教育、科研管理为主要内容的综合性专业杂志。
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