北京大学化学与分子工程学院是在原北京大学化学系的基础上发展起来的。北京大学化学系是中国国立大学中成立最早的化学系，其前身是成立于1910年的京师大学堂格致科化学门。化学学院设有5个系：化学系、材料化学系、高分子科学与工程系、应用化学系和化学生物学系；5个研究所：无机化学研究所、有机化学研究所、分析化学研究所、物理化学研究所、理论与计算化学研究所；拥有2个国家重点实验室、2个教育部重点实验室和1个国防科工委国防重点学科实验室
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