根据国务院批准的自治区机构改革方案,2000年8月,原自治区土地管理局、地质矿产厅和测绘局合并组建自治区国土资源厅,为自治区人民政府组成部门。管理自治区测绘局,对自治区地质矿产勘查开发局实施归口管理,对自治区煤田地质局、自治区有色地质勘查局等单位实施行业管理,对新疆生产建设兵团国土资源局实行业务领导,对新疆军区土地管理局、乌鲁木齐铁路局以及新疆油田公司、塔里木油田公司、吐哈油田公司等单位的土地管理工作实行业务指导。截止2011年底,自治区国土资源厅机关内设机构和工作部门23个、直属单位13个(其中副厅级单位2个)、挂靠社会团体5个,全区有14个地州市国土资源局、4个直辖市国土资源局、87个县(市)国土资源局、860个乡(镇、场)国土资源所。