2007年12月6日深圳市政府四届八十次常务会议讨论通过深圳大学医学院筹建方案，市财政为举办医学院提供全额拨款，第一期建设费用额度30亿。2008年12月获教育部批准，开设临床医学专业，同年成立深圳大学医学院。2013年4月深大成立深圳大学医学部，旨在进一步整合学科资源，优化学科布局，推动医学学科发展，探索相对独立的实体性学部运作模式和机制。
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